اعتراض به تصویب نامۀ انجمن ها و همه پرسی انقلاب سفید

اولین مرحلهٔ فعالیت سیاسی و مبارزهٔ امام خمینی با اعتراض به تصویب نامهٔ انتخابات انجمن های ایالتی و ولایتی آغاز شد. از دیدگاه حضرت امام، این تصویب نامه موجب تضعیف اسلام و افزایش حضور بهائیان در حکومت می شد.  از این رو، ایشان پس از رایزنی با علمای بزرگ قم با آن به مخالفت پرداختند و دولت را مجبور به لغو آن کردند. پس از مطرح شدن انقلاب سفید و همه پرسی آن، امام خمینی و تعدادی از علما، نخست از شاه در این باره توضیح خواستند اما با بی اعتنایی و توهین او مواجه شدند. پس با انتشار اعلامیه ای همه پرسی فرمایشی را غیرقانونی اعلام کردند. بیشتر مراجع دینی نیز به دعوت امام خمینی همه پرسی را تحریم کردند. در تهران و قم تظاهرات گسترده ای برپا شد و رژیم پهلوی با استفاده از نیروی نظامی، قیام مردم تهران و قم را سرکوب کرد. 
 به طوری که طبق اسناد لانه جاسوسی آمریکا، شاه شخصاً بهائی گری و ترویج آن را در ایران تصویب و تأیید کرد. اسناد لانه جاسوسی آمریکا، 1386 ، ج 4، ص575